No sale la animación completa en postproducción

Lo primero, prueba a cargar esa animación en Blender. Es decir, a lo mejor en el momento que la estás haciendo se reproduce bien, pero interesa ver si, cuando en el juego no funciona, al IMPORTAR la animación en Blender se sigue viendo bien o no, porque ahí nos da la pista de que el fallo es de exportación de la animación.

Siguiendo esa linea, interpreto que el nombre de la animación es correcto y lo has puesto bien en el FLM.
No sé si has cogido un FLM apropiado para la escena, si venía en la pantilla de kubo o cómo lo has hecho, pero la conclusión es que puede haber FLM que den error (a lo mejor es una escena de 4 segundos y tienes una animación que dura más tiempo, con lo cual se "traba" por decirlo de alguna manera). No estoy muy puesto en el área, pero podría afectar. Si es una animación de dos actores, pues necesitas un FLM de dos actores (como consejo). En fin, que pruebes con otro FLM.

Sobre el FLM también no sé si al meter la escena lo que has hecho es sustituir todas las animaciones de la escena por la que has creado tú, eso explicaría que los extras desaparezcan y demás.

Sobre el segundo error, como te digo, cuando pones un prop autoanimado éste ya reproduce su animación incluso sin darle a reproducir la escena. Entonces, se me ocurre que la diferencia de duración entre la escena y tu animación se intenta compensar así, reproduciéndose sola. O eso, o sucede en bucle como tú dices. El bucle también sería porque la animación de 1000 frames dura menos que la escena en sí, cuando termina la animación el muñeco reproduce la siguiente animación (o se repite de 0).

En postproducción se suelen compensar muchos de los problemas que vemos en el rodaje, y si ya antes había problemas con la animación (bucle y que se desincronizaba), en postproducción saldrá algo todavía más alocado.

Por lo que el problema debe estar en el FLM que has utilizado o en exportar la animación.
Me cuentas.